1：原生动物是世界上最原始、最低等的一类动物它们绝大多数是一个细胞的生物体。原生动物细胞组成类似多细胞动物可分为细胞膜、细胞质、细胞核。为了独自完成营养、排泄、呼吸、生殖及对外界刺激作反应原生动物具有特化的胞器来执行上述机能。生物处理系统内常见的原生动物依动物器官可分为三类：(1)鞭毛虫纲(Mastigophora)：具鞭毛一至多根利用鞭毛摆动而运动如波豆虫(Bodo sp.)、滴虫(Monas sp.)、侧滴虫(Pleuromonas sp.)、眼虫(Euglena sp.)、线鞭虫(Peranema sp.)。(2)肉足虫纲(Sarcodina)：以细胞质形成伪足运动常见的有变形虫(Amoeba sp.)、简变虫(Vahlkampfia sp.)、蕈顶虫(Arcella SP.)、鳞壳虫(Euglypla sp.)。(3)纤毛虫纲(Ciliata)：以纤毛或纤毛集合的棘毛为运动胞器具有大核和小核两种细胞核前者和RNA合成有关后者为生殖核。种类极多结构最复杂。例如：板壳虫(Coleps sp.)、管叶虫(Chilodonella sp.)、吸管虫(Tokophrya sp.)、草履虫(Paramecium sp.)、钟型虫(Vorticella sp.)、累枝虫(Epistylis sp.)、楯纤虫(Aspidisca sp.)、游仆虫(Euplotes sp.)。由于各种原生动物对环境的需求不一因此观察生物处理系统内原生动物的种类及数量可以大致了解处理状况原生动物可作为生物指标。某些原生动物对毒性物质相当敏感若经由显微镜观察到此类生物停止活动或死亡这表示生物处理系统遭受毒性物质侵入或系统操作失当。
1：动物中之最下等者其体仅为一细胞所成有些生活在水中或潮湿的土壤有些则寄生在动物体内。如变形虫、眼虫、草履虫。也称为「原虫」。