1：基质的定义是能量来源它可以是有机的（还原态的有机物）或无机的（例如氨）或者甚至是光线（光合营性微生物）。根据微生物利用的基质种类可以将微生物分成几类：光合自营性微生物(photoautotrophs)及光合异营性微生物(photoheterotrophs)是以光线(light)为其能量来源；无机营养性微生物(chemolithotrophs)或化学自营性微生物(chemoautotrophs)是由无机物的氧化获得能量；有机营养性微生物(chemoorganotrophs)的能量来源是有机物；混合营养性微生物(mixotrophs)所利用的基质则包括有机物及无机物偶尔也会利用光线。